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Tyndall.
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Ciao a tutti!
In questi giorni mi è capitato di leggere un articolo sulla metabolomica e in particolare come il suo studio sia diventato, negli ultimi anni, un nuovo approccio per lo studio delle malattie, per l'individuazione di nuovi target e lo sviluppo di farmaci. L'articolo afferma che oggi è possibile e opportuno affiancare agli studi di genomica e proteomica, quelli di metabolomica al fine di ottenere un quadro più completo dell'organismo. Poiché il metaboloma è a valle del proteoma, esso ne risulta in tal modo amplificato e rappresenta quindi un più sensibile sistema di organizzazione rispetto a quello macromolecolare per capire un sistema biologico complesso.
E' quindi opportuno, in tali studi, adoperare una serie di procedure per trasformare una sequenza genomica in un modello metabolico. Tale modello è assicurato dalla presenza di numerosi programmi finalizzati alla modellazione (ad esempio Gepasi) e la loro interoperabilità è garantita da SBML (Systems Biology Markup Language).
... e qui iniziano i problemi
qualcuno di voi sa darmi qualche informazione riguardo a Gepasi e SBML?
Di Gepasi non so assolutamente niente.
Di SBML ho capito che è un linguaggio informatico gratuito, aperto, basato sull’XML e utilizzato per rappresentare modelli di sistemi di reazioni biochimiche. Può rappresentare sistemi metabolici, segnali cellulari, vie metaboliche, sistemi regolatori e altri tipi di sistemi biologici. Tuttavia, l’SBML non è un linguaggio universale sebbene sia ormai diventato uno standard "de facto". L' SBML ha tre scopi principali:
1. permettere l’uso di più strumenti software senza dover riscrivere il modello per ognuno;
2. consentire la pubblicazione dei modelli in una forma che altri ricercatori possano usare in un altro software;
3. garantire la sopravvivenza dei modelli al di là del ciclo di vita del software utilizzato per la loro creazione.
La rappresentazione SBML evita l’utilizzo di equazioni ODE e si basa sulla scomposizione del sistema in entità biochimiche elementari legate tra loro da relazioni di dipendenza. Questo tipo di struttura rende molto più semplice l’interpretazione del modello ad opera di un qualsiasi software che lo convertirà nella propria rappresentazione interna.
L'articolo era piuttosto difficile, anche perché io non sono abituata a trattare di bioinformatica ... non so se le cose che ho appena scritte sono giuste .... illuminatemi e se avete delle informazioni aggiuntive a riguardo ve ne sarei grata
anche correzioni a ciò che ho scritto sono ben accette
Grazie in anticipo!
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Ricostruzione metabolicastrategie per sviluppare un modello metabolico |