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forumbiotech.
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Ho bisogno del vostro aiuto..non ho grandissima dimestichezza con la bioinformatica..
Se io voglio analizzare (supponendo che i testi non me lo dicano) il grado di omologia tra seguenze/subunità, come faccio?
NCBI, sequenze..e poi?
Intendo dire ci sono programmi o opzioni in ncbi che mi permettono di fare questo..??
In modo tale da dire la subunità p1 del recettore GABA (B) ha omologia del 33% con la subunità alpha del recettore GABA (A).
Mi servirebbe anche per un progetto su cui vorrei però presentarmi preparato in tal senso..
Ringrazio chiunque vorrà aiutarmi.. -
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Ciao FBT! 
anche io davvero poca dimestichezza con la bioinformatica e sul lavoro non ho necessità di usarla.
Purtroppo ho pochi ricordi dell'università ma se riesco ti posto qualche link, magari può esserti di aiuto. -
forumbiotech.
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QUOTE (Tursiops @ 9/1/2008, 19:25)Ciao FBT!
anche io davvero poca dimestichezza con la bioinformatica e sul lavoro non ho necessità di usarla.
Purtroppo ho pochi ricordi dell'università ma se riesco ti posto qualche link, magari può esserti di aiuto
grazie infinitamente..
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Dunque, qui ci sono alcuni esercizi: http://www.unitus.it/Scienze/bioinfo/introduzione.htm
http://www.molecularlab.it/bioinformatica/
Scusami ma sono riuscito per ora a trovare davvero poco. -
paolabio.
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mi spiace forumbiotech, ma non ho la minima idea di cosa si tratta 
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forumbiotech.
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QUOTE (Tursiops @ 9/1/2008, 19:39)Dunque, qui ci sono alcuni esercizi: http://www.unitus.it/Scienze/bioinfo/introduzione.htm
http://www.molecularlab.it/bioinformatica/
Scusami ma sono riuscito per ora a trovare davvero poco
grazie mille samuele..gli ho dato una occhiatina..ripeto non è comunque una cosa urgente era solo che prima capivo questa cosa e meglio era tutto qua..ora allora mi metterò bene a leggere etc..
se qualcuno ha altre indicazioni o suggerimenti mi farebbe assolutamente piacere riceverli..
grazie a tutti..
@paolabio, non preoccuparti, grazie comunque..!. -
Foster83.
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Se hai la sequenza proteica puoi utilizzare il semplice BLASTp, che confronta sequenze proteiche, anche di subunità della stessa proteina.
Se non hai la sequenza proteica puoi tirarla fuori da SWISSPROT, o altri siti proteici. (anche dall'NCBI volendo). -
forumbiotech.
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QUOTE (Foster83 @ 10/1/2008, 11:56)Se hai la sequenza proteica puoi utilizzare il semplice BLASTp, che confronta sequenze proteiche, anche di subunità della stessa proteina.
si, supponiamo di avere una sequenza proteica..se io voglio trovare il valore di omologia tra le due sequenze in % blast me lo permette secondo te?. -
Foster83.
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Mi pare te le dia le percentuali... Adesso non ricordo bene; prova. . -
forumbiotech.
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Sono riuscito a risolvere.. su suggerimento di Foster ho usato blast2..è molto comodo..ora quando ho un pò più di tempo mi guardo bene tutto e magari approfondisco gli argomenti..
grazie ancora... -
Foster83.
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Bene. Che similarità c'è tra i due recettori del GABA? Penso abbastanza. . -
forumbiotech.
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intorno al 38 % ma cambia con le varie subunità.. .
Omologia (in %) tra le varie subunità recettoriali usando la bioinformatica..qualcuno sa darmi i dettagli? Ringrazio tutti |
