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GrilloSan.
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Ciao tutti!
Qualcuno potrebbe spiegarmi la metodica utilizzata per studiare le sequenze VNTR all'interno del genoma di un individuo?. -
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ciao Grillosan,
personalmente non mi intendo di queste tecniche ma facendo una ricerca ho trovato questo:
Dna fingerprinting
by Francesca on 10/03/2010
Ho fatto molta fatica a reperire sul web informazioni relative al c.d. test del DNA (o DNA fingerprinting o genetic fingerprinting), in quanto le notizie presenti sono o troppo superficiali o troppo tecniche o troppo datate. Riporto qui di seguito i risultati della mia ricerca – modificati grazie alle preziose correzioni di Giorgio (vedi commenti), che ringrazio. Spero così di poter aiutare altri utenti del web – con la preghiera di continuare segnalarmi eventuali errori o imprecisioni
dna fingerprinting
Il test del DNA è impiegato in ambito giuridico soprattutto ai fini dell’accertamento di paternità, dell’identificazione personale (eventualmente anche di cadavere) e nell’ambito di indagini dirette ad individuare i colpevoli di reati. In questo testo, ci limiteremo a considerare quest’ultimo ambito.
Per accertare se un individuo possa essere l’autore di un dato reato, si procede a confrontare il suo DNA con quello rinvenuto sulla scena del crimine o sul corpo della vittima, impiegando un procedimento che, per analogia con quello relativo alle impronte digitali, viene chiamato fingerprinting genetico (o DNA fingerprinting) e che consiste nel comparare alcune sezioni di DNA, dette loci, quelle che, non codificando proteine, variano maggiormente da individuo ad individuo.
Infatti, due soggetti, non legati da rapporti di parentela, hanno in comune circa il 99,9% di sequenza di DNA: la comparazione riguarda, pertanto, solo alcune porzioni, in particolare quelle denominate VNTR (variable number tandem repeats) che consistono in sequenze di nucleotidi ripetute in tandem.
Attualmente, in ambito forense, si analizza soprattutto la classe di VNTR nota come STRs (short tandem repeats) o microsatelliti, sequenze di DNA lunghe 2-6 bp e ripetute numerose volte: il numero delle ripetizioni è ciò che varia da individuo ad individuo e che, quindi, consente di distinguere due soggetti diversi. Il fingerprinting genetico si effettuata, quindi, prendendo in considerazione più STRs, da un minimo di 5 ad massimo di 15. In particolare, i marcatori genetici più utilizzati in ambito forense sono gli STRs costituiti da ripetizioni tetranucleotidiche, che creano minori problemi rispetto all’amplificazione mediante PCR (cfr. infra).
dna
Con estrema semplificazione, premesso che le tecniche impiegate possono essere molto diverse e sono tutte estremamente complesse, si procede nel seguente modo.
Una volta estratto e purificato il DNA, si procede ad amplificare il materiale genetico da esaminare, attraverso un processo noto come reazione polimerasica a catena (PCR), che consente di moltiplicare le regioni di DNA target, in modo da disporre di una quantità di materiale genetico sufficiente a consentire l’esame.
test dna
A questo punto i diversi frammenti di DNA ottenuti sono separati mediante elettroforesi capillare, una tecnica che sfrutta la presenza di cariche negative sui frammenti di DNA, facendoli migrare su un gel, in presenza di un campo elettrico, dal polo negativo (anodo) verso il polo positivo (catodo). In particolare, posto che la velocità è proporzionale alla massa molecolare, i frammenti di DNA di diversa lunghezza sono separati in base alla loro diversa velocità di migrazione. Mediante l’impiego di fluorocromi (molecole in grado di dare fluorescenza), la migrazione delle molecole è registrata da un rilevatore, analizzata e visualizzata in un unico grafico caratterizzato da una successione di picchi di colori diversi, corrispondenti alle emissioni fluorescenti dei vari fluorocromi. L’esito di questo procedimento è un diagramma colorato (un elettroferogramma)
elettroferogramma
L’elettroferogramma rappresenta la base per determinare il profilo genetico dell’individuo. Al riguardo, occorre, infatti, precisare che, prima di procedere al confronto vero e proprio, è necessario elaborare i risultati delle elettroforesi capillari, eliminando eventuali sovrapposizioni tra gli spettri di emissione, e, soprattutto convertendo l’informazione contenuta nei vari picchi (taglia e quantità dei frammenti di DNA) in un linguaggio comune che permetta di confrontare i dati di laboratori diversi: occorre, cioè, procedere alla determinazione del genotipo, dove i picchi colorati sono convertiti in un formato numerico, che indica il numero di ripetizioni in tandem presenti in ogni allele.
La conversione dell’elettroferogramma in profilo genetico è oggi effettuata tramite software, rinvenibili in commercio, ma questi dati dovranno, poi, essere interpretati da operatori esperti in modo da individuare possibili errori causati, ad esempio, da fattori inerenti alla scarsa quantità del DNA esaminato, dal suo degrado o dalla presenza di profili misti (cioè dal fatto che è stata tipizzata una traccia in cui era presente materiale biologico appartenente a due o più soggetti).
Una volta effettuato tale controllo, se due genotipi collimano, allora si ritiene che i DNA corrispondano.
fonte: www.francescapoggi.com
altri links:
http://biologia.unical.it/openlab/document...gerprinting.pdf
http://www.sa.unina2.it/download/appunti/a...gerprinting.ppt
www.fathom.com/course/21701758/session1.html.
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