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PROGRAMMA di LABORATORIO DI BIOINFORMATICA di cui è possibile avere documenti su richiesta
Analisi e confronto di cromatogrammi di sequenze di acidi nucleici. Determinazione della sequenza consensus. Le principali banche dati biologiche: Genbank/EMBL e SwissProt. Sistemi di interrogazione ed estrazione dei dati: Entrez e SRS. Il formato delle sequenze. Ricerca di similarità nelle banche dati: i programmi BLAST e FASTA. Ricerca di geni omologhi in nuovi genomi. Multiallineamento delle biosequenze. Utilizzo delle banche dati genomiche per la ricerca di geni noti: utilizzo del Genome Browser dell’UCSC e di Ensembl. Estrazione di sequenze dalle banche dati genomiche: il sistema EnsMart. Analisi di sequenze genomiche per la ricerca di regioni codificanti: i programmi GenScan e GenomeScan. Identificazione di isole CpG e sequenze ripetute. Confronto tra sequenze genomiche e trascritti per la determinazione dell’organizzazione genica e la convalida delle predizioni. Identificazione di geni non codificanti per proteine: rRNA, tRNA e altri RNA non codificanti. Predizione della struttura secondaria di RNA. Analisi bioinformatica di sequenze proteiche. Ricerca di domini funzionali: InterPro e SMART. Predizione di peptidi segnale. Ricerca di domini transmembrana. Predizione della struttura secondaria delle proteine. Classificazione funzionale delle proteine attraverso la consultazione di banche dati metaboliche.
(tratto dall'Università degli studi di Milano - www.unimi.it)
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