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BIOLOGO TEORETICO
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PROGRAMMA di LABORATORIO DI BIOINFORMATICA di cui è possibile avere documenti su richiesta
Analisi e confronto di cromatogrammi di sequenze di acidi nucleici.
Determinazione della sequenza consensus.
Le principali banche dati biologiche: Genbank/EMBL e SwissProt. Sistemi
di interrogazione ed estrazione dei dati: Entrez e SRS. Il formato delle
sequenze.
Ricerca di similarità nelle banche dati: i programmi BLAST e FASTA.
Ricerca di geni omologhi in nuovi genomi. Multiallineamento delle
biosequenze.
Utilizzo delle banche dati genomiche per la ricerca di geni noti: utilizzo del
Genome Browser dell’UCSC e di Ensembl. Estrazione di sequenze dalle
banche dati genomiche: il sistema EnsMart.
Analisi di sequenze genomiche per la ricerca di regioni codificanti: i
programmi GenScan e GenomeScan.
Identificazione di isole CpG e sequenze ripetute.
Confronto tra sequenze genomiche e trascritti per la determinazione
dell’organizzazione genica e la convalida delle predizioni.
Identificazione di geni non codificanti per proteine: rRNA, tRNA e altri
RNA non codificanti. Predizione della struttura secondaria di RNA.
Analisi bioinformatica di sequenze proteiche.
Ricerca di domini funzionali: InterPro e SMART. Predizione di peptidi
segnale. Ricerca di domini transmembrana. Predizione della struttura
secondaria delle proteine.
Classificazione funzionale delle proteine attraverso la consultazione di
banche dati metaboliche.
(tratto dall'Università degli studi di Milano - www.unimi.it)
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