| Salve a tutti, avrei bisogno del vostro aiuto per capire come procedere. Mi potreste correggere e indirizzare? Grazie
Sto effettuando lo studio delle Proteine. Sono partita da un pathway scaricato online su pathwaycommons ma sinceramente non sono certa ci siano solo proteine (credo pure geni). In caso che lo allegassi potreste darmi delucidazioni o consigliarmi un file più appropriato? Grazie
Lo studio dell'Interazione Proteina-Proteina avviene mediante la teoria del grafi e il comportamento delle proteine è di tipo Grafo Non Orientato (= INDIRETTO). E fin qui tutto bene.
Ora devo svolgere uno studio approfondito sulle singole proteine: Cinetica Enzimatica, Lotka-Volterra (preda-predatore, specie...)
Nel caso di Reazioni Biochimiche, ho trovato informazioni sul web, le proteine hanno un comportamento DIRETTO.
Quindi Riassumendo:
Interazione PROTEINA-PROTEINA : Comportamento Indiretto
Interazione PROTEINA-REAZIONE-PROTEINA : Comportamento Diretto
A questo punto, Per applicare la Cinetica Enzimatica e quindi calcolare :
- velocità con cui l'enzima trasforma il substrato in prodotto (Ho letto che ogni enzima ha un suo substrato preferito e con il quale reagisce più velocemente ma che può senza grossi problemi appoggiarsi ad altri substrati)
- n che nell'equaz di Mich-M è = 1; n> o < 1 nell'equazione di Hill
- cos'altro?
Inoltre per poter calcolarmi questi parametri devo partire da Dati Sperimentali, che purtroppo non ho.
Esiste un database dove poterli reperire?
Se vi allegassi il pathway, scaricato da un database online, potreste darmi qualche indicazione? perchè ho dei dubbi ci siano dei geni all'interno.
In tal caso dovrei individuarli ed eliminarli dal mio studio di analisi.
Potreste consigliarmi voi un Pathway in caso più appropriato?
Grazie! Spero vivamente possiate aiutarmi in qualche modo. |
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